乳糖不耐受可以口服益生菌制剂以及乳糖酶来进行治疗，多种益生菌与乳糖酶有关系，益生菌制剂有利于乳糖酶的恢复，以及治疗继发性乳糖酶缺乏症所导致的腹泻，乳糖菌中含有较多的乳糖酶，可以减缓胃排空的速度，有效的缓解腹泻的症状。而一些益生菌在消解的过程中只产酸，不产气，不会增加肠道的渗透压，有利于减轻乳糖不耐受的症状。
乳糖不耐受最根本的原因是乳糖酶缺少或乳糖酶活性低下，所以补充乳糖酶是比较好的一个治疗方式。乳糖酶的作用效果受到肠道中乳糖的量、乳糖酶的量，以及在胃肠道中所能维持的活性等多种因素的影响，所以目前阶段乳糖酶的应用不是太多，由于其造价比较昂贵，难以推广。此外，高纯度的低聚半乳糖，可以使小肠的某些具有乳糖代谢能力的细菌适量增加，弥补内源性乳糖酶缺乏的症状。
所以，上述一些制剂和药在乳糖不耐受中可以选择，其中益生菌是最常用的一种药物。
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