在理想条件下，最好是吃阿立哌唑期间不要怀孕，或待停药后再怀孕。现实中可能因为病情的需要而服药，但病人又希望怀孕，目前已知医学知识，阿立哌唑和其他抗精神病药物可以通过胎盘而影响胎儿，可能会增加胎儿发育畸形的风险，但具体风险如何，可能对胎儿造成何种损害，对于胎儿发育畸形的具体影响目前尚无定论。因为伦理学方面，临床不能对孕妇进行实验，所以临床只是知道服用该药物可能会影响到胎儿的发育。
如果停药，需要观察病情是否能够稳定，怀孕的妈妈如果不服药是否会造成病情波动都有待考证，如果病情波动、加剧、恶化，可能会影响胎儿发育。所以上述方面需进行权衡，病人需与医生沟通是否在怀孕时继续服用该药物。如果在理想环境下，在病情稳定或控制良好，已经进入病情稳定阶段，最好的方案是停药后再怀孕，如此对于胎儿发育较安全。如果病情未达到稳定，病人可能在服药期间怀孕，并不是说不允许这种情况存在，只是可能会增加影响胎儿正常发育的风险。
