巴雷特食管一部分患者可能没有任何症状，只是在做胃镜检查下发现食道下端食管鳞状上皮，即粉红色上皮被橘黄色上皮替代。这时取病理可以发现食管鳞状上皮被柱状上皮替代。但是有些由于食管炎反复发作导致巴雷特食管，临床表现主要是食管炎的症状，表现为反复反流、烧心。严重者会出现食管外的症状，比如慢性咽炎、慢性咳嗽，甚至出现慢性哮喘。如果食管炎严重，还可能会引起食管溃疡，进食食物时会出现胸骨后疼痛。如果炎症反复刺激，还可能导致食管狭窄，会出现进食哽噎感，甚至出现恶心、呕吐。
总之巴雷特食管的症状并没有特异性，少部分患者没有任何症状。如果是食管炎所导致的巴雷特食管，症状则是食管炎的临床表现。对于巴雷特食管，应该明确预后，有些食管鳞状上皮被柱状上皮代替，但是却没有杯状细胞，没有肠化的巴雷特食管预后较良好，并不会增加癌变的明显几率。但是如果肠段的巴雷特食管，病理活检提示有杯状细胞，有肠上皮化生的表现，特别是有异型增生情况下一定要密切监测，甚至进行内镜下干预，以免发生食管腺癌的可能。
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