幽门螺旋杆菌不会自愈，而且随着时间的延长，其在胃内会有增殖的可能。幽门螺旋杆菌会诱发胃炎、胃溃疡，甚至胃癌的出现。因此，当发现幽门螺旋杆菌阳性时，应给予积极的根除治疗。根除幽门螺旋杆菌，主要选择四联疗法，主要为两种抗生素联合一种质子泵抑制剂及一种铋剂，治疗周期一般为14天。用药前，要追问患者的既往史及药物过敏史；治疗后，需停药1个月，进行幽门螺旋杆菌的复查，必要时要完善胃镜的检查。
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