新冠肺炎核酸检测的原理，主要是依据每一个生物的核酸都是不一样的，都有特定的核酸序列以及DNA序列。病毒的特点就是形态非常之小，在普通的光学显微镜下是看不到的。但是可以根据每种病毒都有独特的基因序列来检测，只要检测出人体内有新冠病毒基因序列，并且采用荧光定量PCR的方法，把这个基因序列扩增后。如果是带有病毒的患者会检测出荧光信号增强，这样就可以显示阳性的结果。如果是核酸检测没有病毒的患者样本，因为没有靶基因的扩增，就检测不到荧光信号增强，这样的结果就属于新冠肺炎核酸检测阴性。
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