细菌性发烧与病毒性发烧，在症状上可能没有太大区别。即使确定了病原体，感染后造成的症状也是不相同的，有些人可能比较典型，也可能仅有轻微的发热。要通过相应的辅助检查或者针对疾病的临床特点来进行判断。比如流行性感冒，是流感病毒感染导致的，有比较强的传染性，患者的感染症状比较重，也就是全身肌肉酸痛等症状比较重，可能是有明显传染源的，可以用奥司他韦等药物能起到比较好的效果。细菌性发烧时，也可以根据具体的细菌，主要通过寒战时抽取血培养，进行细菌培养发现的。
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