球菌感染要分清球菌的类别，最常见的是肺炎链球菌感染，社区获得性肺炎中肺炎链球菌是占第一位的感染病原体。肺炎链球菌感染可以应用青霉素、一代或者是二代头孢菌素以及大环内酯类进行治疗。除肺炎链球菌外，还包括金黄色葡萄球菌。金黄色葡萄球菌很容易出现耐药，如果是耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌，对一般的抗生素都不敏感，需要用万古霉素、利奈唑胺和替考拉宁进行治疗。因此需要进行痰培养或者血培养来分清具体球菌感染类型，从而给予相应的抗生素治疗。
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