肾脓肿是由细菌感染所引起，细菌分为革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌。革兰氏阳性菌主要指的是金黄色葡萄球菌等，引起肾脓肿的途径是通过血源性感染，特点是急性起病，做尿培养一般无细菌生长，或培养结果不同于脓肿分离的结果。
革兰氏阴性菌主要指的是大肠埃希菌等，它的感染途径主要是通过尿路逆行性感染所引起，特点是尿培养结果与脓肿分离的细菌多一致，革兰氏阴性菌感染是肾脏损伤、肾结石、肾脏梗阻等原因引起。
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