肛裂切断括约肌后，后遗症主要是不能控制大便，人体的肠内容物通过肛门时不能经过控制，随意的排出。由于肛门括约肌的主要作用就是通过收缩和舒张来控制人体大便，排出或者是短暂停留。而肛裂手术时如果切断了括约肌则不能有效控制大便，所以肠内容物通过肛门时没有明显的阻力直接就排出了，造成肛门的大便失禁，这是比较严重的并发症。所以肛裂手术时一定要注意保护好肛门括约肌，一定要做沿括约肌走行方向的切口。
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