手足口病疫苗最好在5-6月之前进行接种，效果最好，因为一般5-6月是手足口病的高发季节，所以应在高发季节之前半个月到1个月内接种手足口病疫苗。此时在疾病高发季节体内已经产生抗体，即使孩子再接触手足口病的患者，也能够由于体内产生抗体，可以最大限度避免孩子患手足口病。手足口病疫苗一般适宜接种的年龄是6个月到5岁，所以只要是在此月龄间，同时在手足口病高发月龄之前接种疫苗，效果最好。
手足口病疫苗主要针对EV71病毒感染引起的重症手足口病，但引起手足口病的病毒临床上常见于两种，一种是EV71病毒，另一种是柯萨奇病毒。相对EV71病毒感染较重，容易出现并发症，严重时可能导致死亡，而柯萨奇病毒相对临床症状较轻，大多具有自限性。
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