脑子里面疼，是由于颅内对疼痛敏感的结构，包括血管、神经、脑膜这些痛觉感受器受刺激所导致的。原因非常多，最多见的一类叫原发性的头痛，就是原因和发病机制不是很明了的这类头痛，包括偏头痛、紧张性头痛、丛集性头痛和其他的原发性头痛。继发性头痛就是有原因引起的头痛，头部的外伤导致头里面的脑组织有挫伤或者是有出血，头部的血管性的疾病，像脑出血、血管畸形、血管炎，非血管颅内疾病引起的头痛。
另外，比如高颅压、低颅压、颅内肿瘤。
有物质或者是物质戒断也会引起头痛，例如酒精、可卡因，还会有止痛药使用过度引起的头痛，感染引起的头痛，各种脑膜炎，脑炎，还有内环境紊乱引起的头痛。有缺氧，到高海拔的地方飞行或者是潜水，有高血压，这些情况也会引起头痛。面部其他邻近结构的疾病也会引起头痛，比如鼻窦炎、中耳炎、青光眼、牙齿脓肿等等。还有一类慢性的头痛就是持续时间很长的头痛，大多都是有精神疾病引起的。
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