在头部磁共振上蛛网膜囊肿在T1+权线呈低信号，即黑色的，在T2+权线上是呈高信号，即白色的，这与脑脊液信号完全一致，但当囊液的蛋白和脂类成分较高时，在T1、T2加权线上，信号均可以稍高于正常脑脊液。正由于头部磁共振可以多种位的观察以及没有骨性伪影的干扰，对于中心和后颅窝的囊肿显示非常清楚，在一定程度上可以取代脑室造影、CT扫描，来对蛛网膜囊肿进行显影。蛛网膜囊肿，大部分是体检时发现的，并没有明显的临床症状，不需要进行手术治疗，仅当局部脑组织受压移位明显，甚至出现了垫肩等症状，才需要进行手术干预。
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