间质性肺炎和新型冠状病毒导致肺炎，主要区别在于导致肺炎的致病体，新型冠状病毒感染导致的肺炎是新型冠状病毒导致，而间质性肺炎通常可以是非新型冠状病毒感染导致，可以是真菌感染导致，可以是衣原体、支原体、卡他莫拉菌、流感嗜血杆菌、军团菌导致的间质性肺炎，可以是真菌感染导致。因此任何原因导致的间质性肺炎，和新型冠状病毒感染导致的肺炎，最大区别在于导致肺炎的病原体不一样。
新型冠状病毒感染诊断依据需要核酸检测阳性，需要血清新型冠状病毒抗体(IgM检测)阳性，如果两者都为阳性，新型冠状病毒感染导致的肺炎可以确诊。如果核酸检测阴性，但新型冠状病毒血清抗体(IgM检测)阳性，同样可以确诊患者是新型冠状病毒感染导致的肺炎，但其他病原菌、病毒导致的间质性肺炎，核酸检测应该是阴性，血清抗体检测(IgM抗体)也应该是阴性。
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