甲硝唑有强大的杀灭滴虫作用和抗厌氧菌的作用，而且对肠道以及组织内的阿米巴原虫也有杀灭作用。对于成人的常用剂量是肠道阿米巴病1次0.4到0.6克，1日3次疗程为7天。肠道外阿米巴病1次0.6到0.8克，1日3次，疗程为20天。对于厌氧菌的感染，静脉给药首剂剂量是15毫克每公斤体重，然后再以7.5毫克每公斤体重维持，每次最大量不超过1克，每8到12小时1次，静脉点滴的时间要超过1个小时。疗程为7天或者酌情延长。针对于小儿的剂量，目前来讲还属于相对慎重的态度，每次每公斤体重13.7毫克，一般7到10天为1疗程。
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