咽喉部的囊肿如果已经长了出来，除非做手术，原则上没有任何药物能够让其完全消失。但有一部分囊肿因为其本身生长比较缓慢，而且其表面没有出现过发炎的症状，单独的药物治疗，包括中药治疗可以延缓囊肿生长，甚至是不长，此时就不需要考虑手术治疗。而且囊肿本身出现的部位不同，也不一定非要手术治疗，只要每年定期随诊即可。
当然，在平时的生活饮食中，患者一定要注意少吃辛辣刺激性的食物，避免烟、酒的刺激，尤其是伴随有反流性食管炎的患者，一定要控制好胃酸反流症状。
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