颅内真菌感染不能治好，少数病例可以长期用药后缓解。颅内真菌感染最常见的病原体是新型隐球菌，所引起的疾病叫做新型隐球菌脑膜炎。疾病病情极重，病死率高，其临床表现不典型，常是不明原因的头痛，颅内压进行性增高，有时会出现局灶性的肢体瘫痪、共济失调等体征。治疗上主要是抗真菌治疗，常用两性霉素B、氟康唑、五氟胞嘧啶等药物，高颅压患者要使用脱水剂，防治脑疝，产生脑积水的患者要考虑外科手术处理，行侧脑室分流减压术。该病病程非常长，病情重，对身体是极大的负担，常进行性加重，即使在治疗过程中也会加重导致预后不良，死亡率非常高，平均病程是6个月。少数患者在治疗后，数年内病情有反复的缓解、加重，极少能完全治愈。
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