吃丙硫氧嘧啶可以喂奶，丙硫氧嘧啶可能存在肝毒性，建议哺乳期女性使用甲巯咪唑，而不是丙硫氧嘧啶。同样发现丙硫氧嘧啶的溶解性不如甲巯咪唑，而且更容易与血浆蛋白结合。甲巯咪唑在血液当中呈现游离的状态，因此通过乳汁进入婴儿体内的甲巯咪唑比较多。
尽管如此，母亲使用中等剂量的丙硫氧嘧啶或甲巯咪唑以后，婴儿的甲状腺激素水平或甲状腺功能几乎没有差异，两种药物都可以选用。由于丙硫氧嘧啶存在肝毒性，尽量选择丙硫氧嘧啶。建议如果哺乳期的女性服用丙硫氧嘧啶、甲巯咪唑剂量比较高，建议定期要对婴儿的甲状腺功能进行评定。
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