支原体感染的患者，早期使用适当抗菌药物是可以减轻症状和缩短病程的。本病具有自限性，多数病例不经治疗，也是可以治愈的。大环内酯类抗菌药物为治疗支原体感染的首选药物。临床上常用的药物有阿奇霉素、红霉素、罗红霉素，氟喹诺酮类药物如左氧氟沙星、加替沙星和诺氟沙星对于支原体的感染也是有疗效的。支原体感染的疗程一般在2到3周，因肺炎支原体无细胞壁，青霉素和头孢菌素类等抗菌药物对支原体的治疗是无效的。支原体感染的患者如果静脉输液阿奇霉素疗程一般在一周左右。
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