小肠间质瘤是起源于小肠部位的间质瘤，间质瘤的诊断，首先是它的部位，好发的部位主要是胃和小肠。小肠间质瘤是间质瘤部位的表现，发生于小肠叫小肠间质瘤，发生于结肠叫结肠间质瘤，发生于胃叫胃肠间质瘤。
另外，除了好发于胃、小肠以外，还有极少数发生在胃肠以外的间质瘤，叫胃肠外间质瘤。小肠间质瘤在整个诊断中相对来说比较难以发现，往往患者出现消化道出血，或者包块长的很大以后才来就诊，这个时候才能发现小肠间质瘤。一般小肠间质瘤往往表现为腹痛、包块或者消化道出血，这个时候就诊，很容易诊断，并且有比较好的治疗。
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