肝功能检查可以查出是否有肝功能的损害，但不能明确肝功能损害的原因或者肝炎的病因，因此发现肝功能异常需要进一步明确诊断，对应治疗。由于我国是乙肝大国，大部分人得肝病都是由于乙肝病毒感染引起，因此发现了肝功能异常，首先要进行肝炎病毒的检测。
如果确认是由于乙肝肝炎发作引起的肝功能异常，就需要口服抗病毒药物进行治疗。如果是由于其他原因例如脂肪肝引起的肝功能异常，需要低脂饮食配合运动来改善肝功能。如果是由于药物引起的肝功能损害，需要停用可疑的药物并且加强保肝治疗来改善肝功能。
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