咽峡炎和扁桃体两者之间存在着根本的区别：首先，咽峡炎发生在因峡部，也就是靠近软腭的部分炎症，扁桃体炎是发生在扁桃体的炎症，发病的部位不同。其次，咽峡炎在成人主要是慢性炎症，而在儿童主要是由于疱疹病毒引起的疱疹性咽峡炎。针对扁桃体而言，主要是由于细菌感染所引起的急、慢性的扁桃体炎，所以它们之间在发病病因上存在区别。治疗方面：急性扁桃体炎，可以给予抗感染治疗、主要使用抗生素；慢性扁桃体炎要根据情况使用药物或者手术治疗。而咽峡炎绝大多数都是急性的，对于儿童来说，主要是支持、对症治疗，对于成人的慢性咽峡炎，可以不治疗或者是治疗原发疾病，给予一些漱口液进行治疗。
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