核磁共振检查对软组织的分辨率比较高，所以几乎所有的颅脑疾病都可以用核磁共振进行检查，只要患者没有做核磁共振检查的禁忌症。做核磁共振进行颅脑检查，可以判断患者是否有先天性的颅内疾病，比如脑小畸形、脑裂畸形、神经纤维瘤病等情况。
核磁共振还可以对脑血管病以及脑外伤进行诊断，比如判断患者是否有颅内出血、脑梗死，以及各种类型脑外伤。颅内感染也可以做核磁共振检查，比如化脓性感染、结核性感染、真菌性感染等等。脑白质病患者以及脑变性病也可以进行核磁共振检查，在临床上应用比较多的是颅内肿瘤的核磁共振检查。
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