临床上通过取痰液做涂片抗酸染色检查，主要是用来检查查找抗酸杆菌的存在与否，用来诊断是否感染了结核分枝杆菌。另外，还可以用来明确肺结核患者在治疗之后是否仍然存在传染性，一般如果结果为阳性，提示存在结核分枝杆菌的感染，并且有一定的传染性，患者属于正在不断排出结核杆菌的传染源，需要进行规范的隔离，抗结核药物的联合系统治疗。如果结果为阴性，也并不能够排除患者受到结核杆菌的感染，应该还要联合拍双肺的CT，以及做PPD试验等联合诊断。
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