湿毒清胶囊属于中成药，上市后的不良反应报告显示，按照说明书推荐的剂量和疗程，辨证合理使用比较安全。患者普遍耐受性良好，不良反应较少，偶见患者服药后出现恶心、腹痛或大便次数增多等胃肠道反应。一般症状比较轻微，停药后症状就可以消失，如果情况严重请去医院就诊。
对于出现胃肠道不良反应的患者可以饭后服药，以降低不良反应的发生率。还有极少数患者会出现皮疹、瘙痒等过敏反应，对此药过敏者禁用。湿毒清胶囊属于非处方药，用药前需要仔细阅读药品说明书。服药七天症状无缓解，应去医院就诊，服药期间忌烟酒、辛辣、油腻及腥发食物。
