新生儿败血症的治疗时间一般为2-3周，根据所感染病原菌的不同，用药的时间也不一样。如果病原菌是明确的，在第一次血培养阳性之后，再治疗的两周之后，再复查血培养。如果血培养阴性才能停药，同时结合临床症状，小孩没有发热及精神差，吃奶比较好，临床感染指标完全正常，才能停药。
如果没有培养出病原菌，病原菌为阴性，必须要按照三周的疗程进行治疗，否则新生儿败血症容易导致全身感染，尤其是引起化脓性的脑膜炎。如果在治疗的过程中用抗生素效果并不明显，必须反复多次的做血培养，寻找感染的病原菌。新生儿败血症大部分情况下血培养均为阴性，所以此时治疗疗程不能少于2-3周。
