脑炎，比如病毒性脑炎，大部分患者的预后较好。法国通过对较多脑炎患者的研究，发现超过60%的患病毒性脑炎患者，结局较好，无遗留症状，可以完全恢复到之前的生活，大概4%的患者可能症状较重，大概1%的患者比较危险，甚至会发展为植物人。对于大多数人，如果早期发现，及时给予诊断和治疗，大约一半的患者预后较好，不会影响寿命。
脑炎比较严重的后遗症有注意力集中较困难，可能会遗留有认知或者行为能力的受损，但半数以上的患者都有较好的预后。因此包括脑炎在内的任何疾病，都应该早期诊断，及时进行治疗。
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