胚胎质量较差可能导致孕酮低。胚胎着床后滋养细胞能合成多种激素，其中绒毛膜促性腺激素，即HCG是重要激素，HCG能维持黄体功能，促使月经黄体转化为妊娠黄体，促进雌激素、孕激素分泌，从而进一步维持妊娠。如果胚胎质量较差，滋养细胞合成HCG量减少，可能导致孕激素分泌减少，抽血检测表现为孕酮值低。
注意孕酮低是胚胎发育不良导致的结果，并非流产原因。
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