早期流产的原因很多，最常见的是遗传因素。所谓遗传因素说的就是胎儿本身染色体异常，这种染色体异常使胎儿不能继续发育而发生流产。另外还有母亲接触有毒的物质，现在最常见的是甲醛以及一些放射性物质。母亲本身身体有疾病，假如有严重的心脏病，严重的高血压、肾炎等等或者有些传染病、病毒性传染病都会使胎儿流产。
内分泌的疾病，母亲在怀孕的时候合并黄体功能不足或者甲状腺功能异常、糖尿病，这些也会影响胎儿的发育而导致流产。还有生殖器官的疾病，假如双角子宫、子宫纵隔、子宫发育等等。盆腔合并的肿瘤，假如子宫肌瘤、卵巢囊肿等都有可能引起流产。
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