甲状腺功能减退症的直接原因，是甲状腺不能分泌足够的甲状腺激素。导致这种情况的病因，又分为原发性和继发性因素。原发性甲状腺功能减退，是因为甲状腺自身出了问题所致，如桥本氏甲状腺炎、药物性甲状腺炎、碘-131治疗后甲减、甲状腺切除术后等。还有一些疾病会导致一过性的甲状腺功能减退，如亚急性甲状腺炎、产后甲状腺炎，这几类的甲状腺功能减退可以自行恢复。继发性甲状腺功能减退症，多是由于下丘脑-垂体疾病导致，如垂体肿瘤、炎症、感染、外伤、手术等。
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