引起小儿软骨症的病因是体内维生素D的摄入不足，或是孩子外活动时间少，缺乏足够的日晒，导致孩子体内的钙、磷不能正常的吸收与利用，从而影响骨骼的生长发育。
维生素D通过增加小肠的钙、磷吸收促进骨的钙化，并可促使钙离子通过成骨细胞膜进入骨组织，可使骨盐沉积，所以维生素D的缺乏可导致钙质吸收和骨矿化障碍，引起小儿软骨症。
人体中的维生素D也可由皮肤中的7-脱氢胆固醇，经日光中的紫外线照射转变而来，所以孩子平时户外活动少，可引起体内维生素D缺乏，从而影响钙的吸收，导致小儿软骨症。
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