肛周脓肿与其它部位脓肿有所不同，一旦发现已经化脓，应尽早手术。手术有两种方法，包括切开引流术和一次切开术，两种方法各有利弊，前者手术简单，不需住院，但一般不能治愈，术后变成肛瘘尚需再次手术才能治愈；后者手术比较复杂，需住院处理，但手术后一般不再形成肛瘘，可以一次性治愈。肛周脓肿是肛腺感染引起，一般在肛管和直肠部有原发病灶即内口，切开引流后，虽然脓液流出，疼痛缓解、炎症消失，但由于原发病灶未做处理，所以该处感染依然存在，所以肛周脓肿切开引流后不能够痊愈，需要再次手术。
第二次手术按照肛瘘术式进行处理才能治愈，所以肛周脓肿术后是否形成肛瘘要根据手术方法而定。如果是切开引流术，术后会形成肛瘘，如果是一次性切开术术后可以不形成肛瘘。
