对于皮疹典型的手足口病患儿来说，诊断比较容易，根据在流行季节、有手足口病患儿的接触史以及典型部位的皮疹，可以很快的作出诊断。但是对于临床症状不典型的患儿来说，尤其是皮疹不典型的，为明确诊断带来了一定的困难。这个时候就需要化验血以及大便或者咽拭子，可以查血中手足口病毒抗体，或者咽拭子中的手足口病毒核酸，或者大便中的肠道病毒属于哪一种类型。目前医院中常见的主要有EV71型柯萨奇病毒以及通用型肠道病毒，可以为确诊提供科学的依据。
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