肛周脓肿也就是肛门周围软组织化脓性感染，其成因主要是有病原体透过直肠末段，即位于肛窦区的黏膜，进入肛门周围间隙，在间隙里面发生化脓改变。
其能透过黏膜屏障的最主要原因就是黏膜受到大便刺激，常见原因主要有以下几方面：
1、由于干硬大便进行物理刺激造成黏膜破损；
2、由于反复腹泻导致的化学刺激引起肛隐窝炎症,病原体主要是细菌，例如大肠杆菌、粪肠球菌进入肛隐窝之后就会顺着肛线以及肛门周围肌肉纤维向周围脂肪组织蔓延。炎症发展到一定程度就会产生化脓性改变，就会发展为肛周脓肿。
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