自身免疫的因素造成了过氧化物酶抗体增高，过氧化物酶是甲状腺生产甲状腺激素当中非常重要的成分，如果免疫系统认为过氧化物酶是敌人，对它产生了自身防御，就会产生过氧化物酶抗体偏高，往往和遗传、环境因素有关。
如果出现了过氧化物酶抗体高，医生可以临床诊断桥本甲状腺炎。桥本甲状腺炎是一种自身免疫的甲状腺炎，可以出现甲状腺功能的损伤，可以造成甲状腺功能减退。诊断以后如果甲状腺功能正常，不需要特别的治疗，仅需要定期复查。如果出现了甲减，使用左甲状腺素钠替代治疗，过氧化物酶抗体高是自己的免疫系统误伤了自己。
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