骨骼发育小有可能是因为生理因素造成的，但最主要的是因为基因调控造成的。正常基因调控的情况下，基因的密码子在人出生时已经规定了人的相貌以及其他特征，骨骼发育小也受基因调控。另外有可能是在生长发育过程中，比如客观条件的挑食或者其他问题，如缺乏运动而引起骨骼生长发育小。此时可以通过适当运动、补充钙剂的方式来促进骨骼发育，但骨骼发育的程度也是有限的，因为骨骼一旦长成很难再继续增大。
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