肛周脓肿的危害和病情发展程度有关，肛周脓肿一旦诊断明确必须及时进行手术治疗，如果手术不及时或者未行手术，可能的并发症有以下几方面：
1、肛瘘，肛周脓肿自行破溃或在行切开引流后常形成肛瘘，肛瘘的症状是反复感染、肿胀、疼痛、破溃、流脓。肛瘘一旦形成，自愈的机会极少，并带来一系列的危害，如肛门疼痛、肛门瘙痒、肛周湿疹等。肛瘘瘘口、瘘管可能增加形成复杂性肛瘘，给治疗带来困难，而且影响到肛门的生理功能。
2、腹膜炎甚至全身脓毒血症，肛周脓肿的感染灶可能向深部间隙扩散形成范围较大的脓肿，脓液可从皮下蔓延到坐骨直肠窝，从患侧经组织间隙蔓延到对侧，又可经内外括约肌之间向上穿破肛提肌，进入盆腔形成腹膜炎，甚至出现全身脓毒症。病情危重者可能导致休克，甚至危及生命。
3、癌变危险，多年未治或误治的慢性肛瘘，有癌变的可能。
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