药物流产也会有疼痛感觉的，疼痛的程度依据于对药物的敏感性、孕囊的大小和疼痛的个体差异有明显的不同。药物流产是针对于妊娠49天之内的宫内孕，通过药物的方式来终止妊娠的一种手段。
最常用的是米非司酮与米索前列醇序贯使用，来达到终止宫内妊娠小于49天孕龄的早期妊娠。米非司酮的使用主要是破坏，或者是干扰子宫内膜的环境，起到杀胚的作用。米索前列醇起到促进宫缩，诱发宫缩来使得孕囊以及附属从子宫内排出的作用。在服用米非司酮后的第三日加用米索前列醇，米索前列醇服用后的2-6个小时会引起腹痛，宫缩而使胚胎组织流出，所以药物流产也会有疼痛的。
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