引起骨髓造血障碍的原因较多，其中包括原发性因素与继发性因素。继发性骨髓造血障碍，通常是由于病毒感染，抑制骨髓造血所致。还包括物理因素，如射线、核辐射，以及部分化学因素，如房屋装修过程中存在的有害物质，均会影响造血功能。还包括肿瘤或白血病侵犯骨髓等病因，进而影响骨髓的造血。
原发性骨髓造血障碍难以明确病因，部分可能与遗传有关，或免疫功能的异常也可影响造血干细胞的功能。造血干细胞受到损伤后，可造成骨髓造血不良。
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