泌尿系统的结石在碎石过程中几乎没有任何疼痛感，因为在碎石过程中，碎石波的能量主要聚焦于体内的结石之上，而并非对人体的组织产生损害，所以没有任何疼痛感。反而是经过体外冲击波碎石治疗以后，肾脏结石引起的肾绞痛得到不同程度的缓解，因为在碎石过程中，结石体积减小或者位置移动以后造成的梗阻减轻，肾盂内的压力降低疼痛症状就可以得到不同程度的缓解。但是也有极少数患者在碎石过程中可能会出现疼痛，因为输尿管结石随呼吸运动有时可以移动到脊柱的横突之上，所以在碎石过程中有时能量聚焦于脊柱的横突之上就可以产生疼痛感，这种情况需要调整碎石的焦点。在碎石过程中如果出现任何不适，都需要跟碎石的医生进行沟通，需要一个动态调整的过程。
