对于耐药性肺结核，因为对社会的传染性和危害性相对比较大，所以对痰菌的监测主要是对传染性的监测，比一般的肺结核要求要高。一般一个月就要做一次痰涂片和痰培养，明确传染性，观察耐药性肺结核转阴的情况。还要确定耐药性肺结核的治疗疗效，还要确定耐药性肺结核的治疗疗程，如强化需不需要延长，或整个疗程时间都要根据痰菌转阴的时间来确定。
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