引起扁桃体炎的致病菌很多，乙型溶血性链球菌、葡萄球菌、肺炎双球菌，以及腺病毒、EB病毒等都可引起扁桃体炎发作，甚至有时细菌和病毒会混合感染引起扁桃体炎。另外，除了外界侵入的细菌，有时候隐藏于扁桃体隐窝内的细菌，在扁桃体免疫力下降时，也会出来“作恶”，引起扁桃体炎。
可见单单增强全身的免疫力，不清除扁桃体局部的病灶，仍然达不到根治扁桃体炎的目的，举一个很形象的例子，我们把全家装上很高级的防盗窗，但我们的大门破烂不堪，小偷会很轻松的进来盗窃，有病灶的扁桃体就像破烂不堪的大门，高级的防盗窗就像免疫增强剂，因此治疗扁桃体炎清除扁桃体局部的炎症是很关键的。
