肝功能不是肝癌诊断的主要指标，肝功异常并不代表肝癌特别是早期肝癌。出现肝功能异常时应排除乙肝、丙肝及长期酗酒的病史，并确定有无使用其他药物导致的肝功能异常；肝癌的诊断必须有影像学结果的支持，如B超、增强上腹部CT或增强磁共振等，并结合抽血化验检查进一步判断。最常见的指标是甲胎蛋白（AFP），阳性率约为60%，17年推出ctDNA试剂盒，对肝癌的检出率可以达到96%。
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