做无痛肠镜检查时，病人是在全麻状态下检查，应该没有任何感觉。医生会给予镇静剂，以及镇痛剂，病人全程并不知晓。有些病情较复杂、年龄较大、体重超重的病人，麻醉师会事先说明，镇痛剂会应用较少，这时病人可能会清醒，但是会有轻微不适感。
做完肠镜以后，部分病人由于麻醉用量问题，可能会有头晕、恶心、呕吐，通常几小时后能够完全消退，无需过于紧张。建议休息，适当进食营养，增加体力以后，症状可能会逐渐消退。另外，每个人的痛阈不同，个人感受也会有差别。无痛肠镜比清醒肠镜舒适，因为做清醒肠镜时，肠道要打气观察，可能会有胀满、疼痛感。
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