非典型肺炎是与典型肺炎相对应的，典型肺炎主要是由细菌引起的大叶性肺炎或支气管肺炎，60年代将当时发现的肺炎支原体作为非典型肺炎的一个主要病原体，但随后又发现了其他病原体，尤其是肺炎衣原体。目前认为非典型肺炎的病原体主要包括了肺炎支原体、肺炎衣原体、鹦鹉热衣原体、军团菌核和立克次体。由于肺炎支原体和肺炎衣原体多见，几乎占每年成人的社区获得性肺炎住院患者的1/3，这些病原体大多为细胞内寄生，没有细胞壁，因此可以渗入细胞内的广谱抗生素，主要是大环内酯类和四环素类抗生素，对其治疗有效，而β-内酰胺类的抗生素无效。对于由病毒引起的非典型肺炎，抗生素是无效的。
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