如果已经确诊根尖囊肿，需要外科手术进行治疗。手术首先要做软组织切口、翻瓣、暴露骨面，然后去除骨质，刮除囊肿，随后进行根尖截除，做倒充填，再关闭伤口，整个过程创伤较小。如果病变较小，反应轻微，术后局部会有肿胀，一般1周左右消退，缝合线需1周左右拆线。现在也会用可吸收线进行缝合，无需拆线。所以术后急性期恢复需要1周左右，但局部炎症和肿胀反应消退，并不代表恢复已经完成，还需要观察骨质重新再填入术腔过程，一般需要3-6个月时间，可通过拍摄X光片可确认囊肿刮除后残余骨腔是否已经被骨质所充满。
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