自身免疫性肝炎因病因尚不清楚，目前尚无预防办法。该病属基因与环境相互影响的结果，但易感基因或环境因素目前尚未研究清楚，部分患者可因服用药物引起该病，如非必须用药，建议慎重服用药物或保健品。此外，该病临床确诊率并不高，多数患者出现轻度肝功能异常后，未引起重视，经过几年甚至十几年后才确诊该病，此时已延误较佳治疗时机。一旦发现不明原因肝功能异常，建议尽快到专科医院就诊，排查是否为自身免疫性肝炎问题。
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