结膜炎由很多病原菌引起，如细菌、其它微生物、立克次体、衣原体还有病毒引起。病毒引起不仅局限于结膜，往往角膜也会受累。临床在治疗时应用抗病毒的药，如无环鸟苷、阿昔洛韦、更昔洛韦。在北京地区用的更多的是更昔洛韦，因为阿昔洛韦眼药水有时毒性作用相对大。要注意除了用以上抗病毒的眼药水以外，应合并用抗生素眼药水。因为病毒感染的同时预防细菌合并感染，治疗效果可能会更好。
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