寄生虫脑病后遗症根据寄生虫在脑实质里移行的位置不同而不同。如果位于重要神经组织，会导致神经组织细胞坏死，产生相应的神经系统损害，经过治疗寄生虫被消灭后，或者经神经外科手术将寄生虫感染病灶切除后，根据对脑神经造成的局部损害范围来确定后遗症。
如果位于颅内较浅表部位，比如位于易导致癫痫发作的部位，此时即使经过药物治疗，患者也较易遗留癫痫后遗症。癫痫后遗症有部分患者需要较长时间使用抗癫痫药物，或者使用神经外科手术方法来控制癫痫症状。
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