由于感染的病原体、损伤范围、程度存在差别，所以预后也会不同。对于病毒性脑炎的患者，早期经过积极的治疗，在7-10天一般可以恢复正常。
但是对于损伤范围广泛、同时合并颅脑器质性损害的患者，如脑软化、脑电图异常等，都提示预后不良。当患者昏迷时间超过7天以上，一般预后不好。
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