伤寒常见的严重并发症，是中毒性肝炎、中毒性心肌炎、肠出血、肠穿孔等。常见的临床症状是发热，伴畏寒，热峰可以逐日升高，达到40℃以上，还有头痛、疲乏、无力、肌肉痛、干咳、厌食、消瘦、腹痛、腹泻或便秘等症状。
伤寒的潜伏期是1-2周，与感染菌数量和毒力有关，自然病程四周左右。儿童患者及早期接受抗菌素药物治疗的患者症状较轻，1-2周可以恢复健康。若不及时治疗，伤寒患者可以出现神经错乱，还有肠出血、肠穿孔等严重的并发症，甚至于可以危及生命。
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